비상장 주식 양도소득세 완전 정복: 대주주 기준, 과세 방식, 절세 전략, 신고 절차 A to Z

비상장 주식을 양도한 후 예상치 못한 세금 부담에 당황하신 적 있으신가요? 상장주식과 달리 소액주주 비과세 혜택이 없는 비상장 주식은 양도 시 전액 과세 대상이 되며, 대주주 여부에 따라 세율이 최대 30%까지 높아질 수 있습니다. 특히 거래 내역이 공개되지 않아 신고 누락 시 무신고 가산세(최대 40%)가 부과될 위험이 있어 철저한 사전 준비가 필요합니다.

이번 가이드에서는 2024년 기준 비상장 주식 양도소득세의 핵심 요소를 체계적으로 정리합니다. 대주주 기준, 과세 구조, 절세 전략, 신고 절차까지 실무에 바로 적용 가능한 정보를 제공합니다.

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비상장 주식 양도세, 왜 지금 주목해야 할까?

최근 투자자 수가 1,400만 명을 돌파하고, K-OTC 등 장외시장 거래가 활성화되면서 비상장주식 양도 건수가 증가하고 있습니다. 이에 따라 국세청의 과세 관리도 강화되고 있으며, 특히 비상장주식은 거래 투명성이 낮아 사후 조사 리스크가 높습니다.

비상장 주식은 대주주 여부와 관계없이 양도차익 전액이 양도소득세 과세 대상입니다. 상장주식은 소액주주(지분 1% 미만, 시가총액 50억 원 미만)에게 연간 250만 원의 비과세 혜택이 있지만, 비상장주는 이 혜택이 전혀 적용되지 않습니다. 따라서 지분 1% 미만 소액 보유자라도 양도 시 세금이 발생할 수 있습니다.

또한, 2024년 기준 상장사 대주주 시가총액 기준이 50억 원으로 상향되었지만, 비상장사는 여전히 10억 원 이상이면 대주주로 간주됩니다. 대주주일 경우 양도소득세율은 3억 원 초과 시 25%, 보유기간 1년 미만 시 30%의 징벌적 세율이 적용될 수 있습니다.

더불어, 비상장주식 양도손실은 상장주식 양도이익과의 상계가 제한적이므로, 해외주식과의 손익통산(2020년 1월 이후 양도분부터 가능)을 적극 활용해 순손실을 만들면 세 부담을 줄일 수 있습니다. 과세는 결제일 기준으로 판단되므로, 체결일과 실제 자금 이체일을 반드시 구분해야 합니다.

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대주주 기준: 비상장사와 상장사의 차이

대주주는 금융소득종합과세 및 양도소득세 과세 여부를 판단하는 핵심 기준입니다. 지분율 또는 시가총액 중 하나만 충족해도 해당됩니다.

상장사 대주주 기준 (2024년 기준)

• 지분율: 코스피 1%, 코스닥 2%, 코넥스·K-OTC 4%
• 시가총액: 50억 원 이상

비상장사 대주주 기준

• 지분율: 4% 이상
• 시가총액: 10억 원 이상

K-OTC를 통한 벤처기업 주식은 지분 4% 또는 시가총액 40억 원 이상일 경우 대주주에 해당합니다.

비상장사의 경우, 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 종료일 기준으로 대주주 여부를 판단합니다. 또한, 특수관계인(배우자, 직계존비속 등)의 지분도 합산되며, 보통주와 우선주도 합산하여 평가됩니다. 예를 들어, 보통주 2%, 우선주 2.5%를 보유하면 총 4.5%로 대주주 기준을 초과합니다.

지분율 기준은 1년 중 한 번이라도 기준을 초과하면 그 시점부터 대주주로 간주되며, 시가총액은 정기적으로 산정됩니다.

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양도소득세 과세 방식과 계산 구조

비상장 주식 양도소득세는 기본적으로 분리과세 방식으로 처리되며, 과세 대상은 양도차익입니다. 계산식은 다음과 같습니다:

양도차익 = 양도가액 – 취득가액 – 필요경비

취득가액이 불명확할 경우 국세청 기준시가를 적용하며, 필요경비에는 양도 관련 법률자문료, 중개수수료, 평가비용 등이 포함됩니다.

세율 구분 (2024년 기준)

구분	세율
소액주주 (비중소기업)	20%
소액주주 (중소기업)	10%
대주주 (양도소득 3억 원 이하)	20%
대주주 (양도소득 3억 원 초과)	25%
대주주 (보유기간 1년 미만)	30% (단기양도 특별세율)

기본공제 및 손익통산

• 연간 기본공제: 250만 원 (국내외 주식 양도소득·손실 합산 적용)
• 손익통산: 2020년 1월 이후 양도분부터 국내·해외 주식 간 손익통산 가능

예를 들어, 비상장주식 양도로 400만 원 손실, 해외주식 양도로 300만 원 이익이 발생하면 순손실 100만 원으로 처리되어 세금이 발생하지 않습니다.

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세금 부담 줄이는 3가지 합법 전략

높은 세율이 적용되는 비상장 주식 양도는 전략적 접근이 필수입니다. 다음 세 가지 방법을 사전에 검토하세요.

1. 과세 유예제도 활용

창업자 또는 기술보유자가 비상장 중소기업 주식을 양도할 경우, 일정 요건을 충족하면 양도소득세의 100%를 최대 5년간 과세 유예받을 수 있습니다.

• 요건: 3년 이상 보유, 양도대금의 50% 이상을 혁신성장 투자조합, 초기창업기업 등에 재투자
• 재투자 기간: 양도일로부터 1년 이내
• 환급 조건: 재투자 유지 기간(3년) 내 처분 시 환급

사전에 재투자 계획을 수립하고, 증빙 자료를 철저히 준비해야 합니다.

2. 연도별 분할 양도 전략

양도소득세는 과세연도(1년) 내 발생한 양도차익을 기준으로 계산됩니다. 따라서 대량 양도 시 결제일을 기준으로 12월과 다음 해 1월로 분할하면 과세소득을 분산할 수 있습니다.

예: 2024년 12월 28일 체결 → 12월 30일 결제 (2024년 과세), 2025년 1월 2일 체결 → 1월 6일 결제 (2025년 과세)

결제일 기준이 중요하므로, 체결 후 2영업일 내 결제 완료 여부를 반드시 확인하세요.

3. 가족 간 증여를 통한 재산 분산

증여세 기본공제 한도 내에서 주식을 가족에게 증여하면, 향후 개별 양도 시 세 부담을 분산할 수 있습니다.

• 2025년 기준 증여세 공제 한도:
  • 배우자: 6억 원 (일생 한도)
  • 직계존비속: 5,000만 원/년 (연간 한도)

단, 증여 후에도 실질적인 경영 참여, 배당 정책의 합리성 등을 확보하지 않으면 일감 몰아주기 또는 증여의제에 해당할 수 있으므로 주의가 필요합니다.

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신고 기한, 절차, 필수 제출 서류

비상장 주식 양도소득세는 종합소득세 신고 기간 내 신고·납부해야 합니다.

신고 기한

• 상반기 양도분 (1~6월): 8월 31일까지
• 하반기 양도분 (7~12월): 다음 해 2월 28일(또는 29일)까지

기한을 놓칠 경우 무신고 가산세(10%) 및 납부지연 가산세가 부과되므로 철저히 준수해야 합니다.

신고 방법

• 홈택스(www.hometax.go.kr) 전자신고 권장
  • 메뉴: ‘양도소득세 신고’ → ‘비상장주식’ 선택
  • ‘미리채움서비스’를 통해 일부 정보 자동 입력 가능 (단, 비상장주식은 대부분 수기 입력)
• 방문 신고: 세무서 사전 예약 후 가능

필수 제출 서류

1. 양도계약서 원본: 거래 당사자 서명·날인, 양도일, 가격, 주식 수량 명시
2. 주주명부 사본: 양도일 기준 법인 발급, 주식 소유 증빙
3. 주식 평가서: 감정평가기관 또는 회계사가 작성한 공정가치 평가서 (국세청 재산정 방지 목적)
4. 법인등기부등본: 지분율 확인 및 법인 상태 확인용
5. 신분증 및 인감증명서: 신고자 본인 확인

특히 평가서는 거래가액이 시가에 비해 현저히 낮을 경우 국세청에서 재산정할 수 있으므로, 객관적이고 합리적인 평가 근거를 확보하는 것이 중요합니다.

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자주 묻는 질문 & 실수 사례로 배우는 주의점

Q1. 비상장 주식은 소액 보유 시 비과세인가요?

아니요. 비상장 주식은 지분율과 관계없이 모든 양도가 과세 대상입니다. 상장주식과 달리 소액주주 비과세 혜택이 전혀 없습니다.

Q2. 가족에게 증여하면 세금이 안 나나요?

증여는 증여세 과세 대상입니다. 다만, 공제 한도 내에서 증여하면 증여세를 면제받을 수 있으며, 향후 각 가족 구성원이 개별 양도 시 세 부담을 분산할 수 있습니다.

Q3. 결제일과 체결일 중 어떤 날짜가 과세 기준인가요?

결제일 기준입니다. 주식 거래는 일반적으로 체결 후 2영업일 뒤에 결제가 완료되므로, 연말 대주주 회피를 위해서는 12월 26일 이전에 체결하고 결제를 완료해야 합니다.

Q4. 보통주와 우선주는 따로 판단하나요?

아니요. 대주주 지위는 보통주와 우선주를 합산하여 판단합니다. 각각 2%씩 보유하더라도 총 4% 이상이면 대주주에 해당합니다.

Q5. 양도가액이 실제 거래 가격과 다를 경우 어떻게 되나요?

실지거래가액이 원칙입니다. 계약서, 입금 내역, 증빙자료를 확보해야 하며, 과세관청이 시가를 더 높게 인정할 경우 차액에 세금이 부과될 수 있습니다.

Q6. 양도소득세를 줄이는 방법은 무엇인가요?

• 손익통산 활용 (국내·해외 주식 포함)
• 장기보유특별공제 (최대 30%, 조건 충족 시)
• 증여를 통한 가족 간 재산 분산
• 중소기업 주식 1년 이상 보유 시 낮은 세율 적용
• 과세 유예제도 적극 활용

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결론: 사전 준비가 성공의 열쇠

비상장 주식 양도는 단순한 거래 이상의 세무적 책임을 수반합니다. 대주주 여부 판단, 과세 유형, 신고 기한, 증빙 자료 확보까지 모든 요소가 세 부담에 직접 영향을 미칩니다.

특히 결제일 기준, 지분 합산, 평가 방식 등은 실무에서 자주 간과되는 부분이므로, 양도 전 반드시 홈택스의 ‘세율선택도우미’와 ‘미리채움서비스’를 활용해 사전 점검하고, 필요 시 전문 세무사와 상담하는 것이 안전합니다.

세금 폭탄을 피하려면 정보의 정확성과 전략적 계획이 핵심입니다. 지금부터라도 체계적인 관리로 비상장 주식 투자의 완성도를 높이시기 바랍니다.